新疆维吾尔自治区新华书店成立于1950年1月10日，隶属自治区新闻出版广电局管理, 是我区唯一具有出版物总发行资质的大型国有文化企业。承担全区民、汉文政治理论读物以及中小学教材、大中专教材的区域总发行。除乌鲁木齐市新华书店外，对全区95家新华书店人、财、物进行统一管理。下属地、州、市新华书店15家（奎屯市新华书店单列，按地州市新华书店管理），县级新华书店80家，出版物零售网点140多处。自治区新华书店还在兵团设有7个网点(石河子、奎屯、五家渠、北屯、额敏垦区、阿拉尔、图木舒克)。 2011年，自治区新华书店完成对自治区外文书店的合并工作。目前，自治区新华书店本部共有11个职能部门，9个经营部门，拥有大型出版物物流配送中心1处，面积30000平方米，用于全区新华书店教材、教辅、一般图书、东风工程农家书屋赠阅出版物的配送，零售书城3处，全资子公司1处。